Prima atestare documentară a comunei apare în „Documente privind istoria României veacului al XVII-lea”, unde satul Ștefăneștii de Jos este amintit pentru prima dată sub numele de Lipovățu, în anul 1623, când domnitorul Radu Voda de la Afumați îi dăruiește lui Stanciu Logofăt, o parte din satul Fundeni, care este în comuna Colentina, pe malul apei cu același nume, și o parte din Gradiște. Tot lui Stanciu Logofăt îi dăruia pământul de la hotarul Fundenilor până la hotarul Lipoveților și hotarul Afumaților, pentru a-i fi vecin.

Râmniceanu Dimitrie, în cartea sa „București 1866”, nota despre hotarul moșiei Lipovățul  -Ștefănești, din districtul Ilfov, plasa Dâmbovița, că este proprietatea doamnei Eliza Filipescu. Din arhivele comunei Ștefăneștii de Jos, numele localității este găsit într-un act de executare al unei hotărâri judecătorești din anul 1874. Comuna poarta numele de Ștefănești-Lipova și era alcătuită din patru sate:

Ștefăneștii de Jos:

Așezat în sudul comunei, locuit în 1874 jumătate de romani, jumătate de romi dezrobiți în 1863. Primul nume de latifundiar de care își amintesc localnicii că ar fi stăpânit moșia este al lui Alecu Filipescu, poreclit „Vulpe” (o parte a satului încă se mai numește Vulpe și astăzi)– despre el se știa că ar fi boier divanist care a jucat un rol în istoria țării și mai târziu, după încetarea domniilor fanariote. Romii au fost aduși de la mânăstirile Snagov, Căldărușani și Pasarea, fiind mai numeroși decât în alte localități din preajma Capitalei. Tot în satul Ștefăneștii de Jos, un boier pe numele Cristescu, stăpânea aproape 120 ha și arata preocupare mare față de administrarea moșiei, familia acestuia locuind chiar în comună. Mai târziu, o parte din  moșia lui Alecu Filipescu a trecut în stăpânirea familiei Basarab-Brâncoveanu, care înstrăinează cea mai mare parte din ea către locuitori spre sfârșitul anilor 1940.

Ștefăneștii de Sus:

Întemeiat pe malul stâng al băltii Pasarea, era moșia cea mai întinsă, stăpânită de fiica lui Dinu Brătianu, Elena. Istoria spune că acest sat și-a luat numele de la un oarecare Ștefan, căpetenie de haiduci, fiind întemeiat după anul 1812, prin contopirea locuitorilor băștinași cu un număr de refugiați basarabeni.

Pasarea-Boltași:

Așezat și el tot pe malul stâng al băltii Pasărea, a fost locuit inițial de urmași de negustori valahi. Bătrânii spun ca până la primul război mondial, chiar și după acesta, satul a făcut parte din comuna Afumați și ar fi luat ființă în urma revoluției condusa de Tudor Vladimirescu.

Crețuleasca:

Cel mai mic dintre satele care alcătuiesc comuna, se pare ca a luat ființă la sfârșitul secolului al XVIII-lea, precedând așezarea imediat următoare, întemeiata pe malul stâng al băltii Pasarea, ce a fost denumit Ștefăneștii de Sus.

Actul de naștere al moșiei Ștefănești Lipovățu și Cartea de Hotărnicie

Actele moșiei Ștefănești Lipovățu, preluate de la Alexandru I. Filipescu de la I. C. Gold, sunt:

  • 1845 februarie: copie legalizata de grefa Tribunalului Ilfov II după ofisul Domnitorului Gheorghe Dimitrie Bibescu, urmat de raportul Logofătului Departamentului Dreptății, privitor la zestrea principesei Elisabeta Bibescu, la căsătoria sa cu Ion A. Filipescu;
  • 1863 noiembrie 27. Act de adjudecațiune emis de Tribunalul Ilfov, secția III, sub No. 96, pe numele doamnei Eliza Filipescu, pentru moșia Ștefănești, fosta proprietate a lui Ioan A. Filipescu.
  • 1909 noiembrie 30. certificatul grefei Tribunalului Ilfov, prin care se certifică că de la anul 1878 până la 1909, moșia Ștefănești – Lipovățu a fost impusă pe numele Eliza I. Filipescu, iar de la 1909 pe numele Alexandru I. Filipescu.

Cartea de Hotarnice (1915)

Aduce informații despre denumirile și limitele de hotar existente în acel moment:

„ Movila veche, hotar la trei moșii Ștefănești, Fundenii-Doamnei și Afumați. Movila este situata la capătul de sud-vest al moșiei, hotar cu moșia Fundenii-Doamnei.

Capul moșiei Ștefănești de vest și nord, în șanțul de sud al șoselei București – Fierbinți, în hotar cu moșia Fundenii-Doamnei.

Movila veche de piatră din pădure, în hotar cu moșia Zlatareanca, Afumați și Domeniul Militar.

Coltul gardului de la Curte, pe malul drept al apei Pasărea, în hotar cu moșia Zlatareanca;

Movila veche, hotar între delimitările rurale de pe moșia Ștefăneștii de Jos, ce-i zice și Chinopsea și de pe Ștefăneștii Domnului Alex. I. Filipescu.

Movila veche lângă scoală de pe moșia Ștefănești a d-lui Alex. I. Filipescu și în hotar cu delimitarea de pe moșia Ștefăneștii de Sus;

Movila veche, cu piatra, în hotar cu lotasii de pe moșia Chinopsea;

Movila veche în hotar cu moșia Ștefăneștii de Sus;

Movila veche cu piatra de hotar a patru moșii: Ștefănești, Ștefănești de Sus, Tunari și Runcu;

Movila veche, hotar intre delimitările rurale de pe moșia Ștefănești a Domnului Alex. I. Filipescu, moșia Ștefănești (pădurea), a Domnului Alex. I. Filipescu și Ștefăneștii de Sus.

Movila veche, hotar intre moșia Ștefănești a Domnului Alex. I. Filipescu, delimitarea rurală de pe moșia Domnului Alex. I. Filipescu și pământul casei Scoalelor de pe moșia Chinopsea.”